Come ci si poteva attendere, le accuse mosse verso il film Comandante sono state numerose e, soprattutto, di natura ideologica. Pierfrancesco Favino ha risposto a queste ultime spiegando quanto segue: “Ti appiccicano un’etichetta addosso, e questo è violento, orrendo, oltre che assurdo. Chi dice questo non ha visto il film. Bastava semplicemente ascoltare le ultime tre battute del film. Cioè salvarli, quelli che annaspano là sotto: «Perché così si è sempre fatto in mare, così sempre si farà, e coloro che non lo faranno saranno maledetti». Non è che mi abbia infastidito la strumentalizzazione del film, da parte di certi presunti progressisti. Mi infastidisce che non si possa più discutere, ragionare. Io, il regista De Angelis, lo scrittore Veronesi saremmo dei fascisti perché abbiamo raccontato un soldato come Todaro? Uno che riconosce il valore della vita anche nel nemico di guerra e tira via quegli uomini dall’annegamento? L’Italia è da sempre quel miscuglio putrido e vitale di lingue e culture, come dice Todaro al suo secondo. Noi siamo insieme meticcio. E vorremmo lasciare ancora morire gente in mare? Di cosa parliamo?.”